Jean-Pierre Papin dopo aver lasciato il calcio giocato, dal settembre 2005 al giugno 2006 allena il Bassin d’Arcachon Sud, con cui conquista la promozione in CFA2 (quinta divisione) e la Coppa d’Aquitania. Nel luglio 2006 diventa allenatore dello Strasburgo in Prima categoria conseguendo la promozione in Ligue 1. Licenziato nonostante il risultato ottenuto, Papin non rimane a lungo disoccupato e viene assunto dal RC Lens dopo le dimissioni di Guy Roux. La stagione termina con la retrocessione all’ultima giornata e Papin lascia il club. Il 29 dicembre 2009 diventa allenatore dello Châteauroux, club della Ligue 2, che porta alla salvezza per poi abbandonare l’incarico.